Το Διοικητικό Συμβούλιο του Ταμείου διοικεί και διαχειρίζεται την περιουσία του Μ.Τ.Π.Υ.  κατά την κρίση αυτού μέσα στα πλαίσια των διατάξεων του καταστατικού του (Π.Δ. 422/81). Η θητεία του Δ.Σ. είναι τριετής.

Το παρόν Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από τους κάτωθι:

1.  Παύλος Περράτης, Πρόεδρος Δ.Σ.
2. Αθανάσιος Αυγερινός, Αντιπρόεδρος Δ.Σ.
3. Θεόδωρος Θεοχάρης, Μέλος.
4. Βιργινία Θώδη, Μέλος.
5. Παναγιώτης Βαβουγυιός, Μέλος.
6. Ζαφείριος Ορφανός, Εκπρόσωπος Εργαζομένων Μ.Τ.Π.Υ.
7. Ηλίας Βρεττάκος, Εκπρόσωπος της ΑΔΕΔΥ.

8. Παναγιώτης Βαβουγυιός, Μέλος – Εκπρόσωπος Συνταξιούχων.

Η θητεία του Δ.Σ. λήγει στις 6/11/2009.

Με τον υφιστάμενο Οργανισμό, η υπηρεσία του Ταμείου διαρθρώνεται σε Κεντρική και Περιφερειακές. Σήμερα λειτουργεί μόνο η κεντρική Υπηρεσία, η οποία στεγάζεται στο ιδιόκτητο κτίριο της οδού Λυκούργου 12 στην Αθήνα και συγκροτείται από τις ακόλουθες τρείς Διευθύνσεις :

α. ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΗΣ ΥΠΟΣΤΗΡΙΞΗΣ – ΑΚΙΝΗΤΗΣ ΠΕΡΙΟΥΣΙΑΣ
β. ΜΕΤΟΧΩΝ – ΕΣΟΔΩΝ – ΠΑΡΟΧΩΝ
Γ. ΛΟΓΙΣΤΗΡΙΟΥ – ΚΑΤΑΘΕΣΕΩΝ – ΔΑΝΕΙΩΝ